Document Detail

The dynamics of LTR retrotransposon accumulation across 25 million years of panicoid grass evolution.
MedLine Citation:
PMID:  23321774     Owner:  NLM     Status:  MEDLINE    
Sample sequence analysis was employed to investigate the repetitive DNAs that were most responsible for the evolved variation in genome content across seven panicoid grasses with >5-fold variation in genome size and different histories of polyploidy. In all cases, the most abundant repeats were LTR retrotransposons, but the particular families that had become dominant were found to be different in the Pennisetum, Saccharum, Sorghum and Zea lineages. One element family, Huck, has been very active in all of the studied species over the last few million years. This suggests the transmittal of an active or quiescent autonomous set of Huck elements to this lineage at the founding of the panicoids. Similarly, independent recent activity of Ji and Opie elements in Zea and of Leviathan elements in Sorghum and Saccharum species suggests that members of these families with exceptional activation potential were present in the genome(s) of the founders of these lineages. In a detailed analysis of the Zea lineage, the combined action of several families of LTR retrotransposons were observed to have approximately doubled the genome size of Zea luxurians relative to Zea mays and Zea diploperennis in just the last few million years. One of the LTR retrotransposon amplification bursts in Zea may have been initiated by polyploidy, but the great majority of transposable element activations are not. Instead, the results suggest random activation of a few or many LTR retrotransposons families in particular lineages over evolutionary time, with some families especially prone to future activation and hyper-amplification.
M C Estep; J D DeBarry; J L Bennetzen
Related Documents :
16808834 - P-value based visualization of codon usage data.
16434444 - Coco-cl: hierarchical clustering of homology relations based on evolutionary correlations.
24680914 - Phylogenetic relationships within the snapping shrimp genus synalpheus (decapoda: alphe...
22934614 - Application of coi sequences in studies of phylogenetic relationships among 40 apionida...
22729404 - The maize b1 paramutation control region causes epigenetic silencing in drosophila mela...
24226224 - Restriction fragment length polymorphism (rflp) of wild perennial relatives of soybean.
Publication Detail:
Type:  Journal Article; Research Support, N.I.H., Extramural; Research Support, Non-U.S. Gov't; Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S.    
Journal Detail:
Title:  Heredity     Volume:  110     ISSN:  1365-2540     ISO Abbreviation:  Heredity (Edinb)     Publication Date:  2013 Feb 
Date Detail:
Created Date:  2013-01-16     Completed Date:  2013-06-17     Revised Date:  2014-02-04    
Medline Journal Info:
Nlm Unique ID:  0373007     Medline TA:  Heredity (Edinb)     Country:  England    
Other Details:
Languages:  eng     Pagination:  194-204     Citation Subset:  IM    
Data Bank Information
Bank Name/Acc. No.:
GENBANK/JY127741;  JY127742;  JY127743;  JY127744;  JY127745;  JY127746;  JY127747;  JY127748;  JY127749;  JY127750;  JY127751;  JY127752;  JY127753;  JY127754;  JY127755;  JY127756;  JY127757;  JY127758;  JY127759;  JY127760;  JY127761;  JY127762;  JY127763;  JY127764;  JY127765;  JY127766;  JY127767;  JY127768;  JY127769;  JY127770;  JY127771;  JY127772;  JY127773;  JY127774;  JY127775;  JY127776;  JY127777;  JY127778;  JY127779;  JY127780;  JY127781;  JY127782;  JY127783;  JY127784;  JY127785;  JY127786;  JY127787;  JY127788;  JY127789;  JY127790;  JY127791;  JY127792;  JY127793;  JY127794;  JY127795;  JY127796;  JY127797;  JY127798;  JY127799;  JY127800;  JY127801;  JY127802;  JY127803;  JY127804;  JY127805;  JY127806;  JY127807;  JY127808;  JY127809;  JY127810;  JY127811;  JY127812;  JY127813;  JY127814;  JY127815;  JY127816;  JY127817;  JY127818;  JY127819;  JY127820;  JY127821;  JY127822;  JY127823;  JY127824;  JY127825;  JY127826;  JY127827;  JY127828;  JY127829;  JY127830;  JY127831;  JY127832;  JY127833;  JY127834;  JY127835;  JY127836;  JY127837;  JY127838;  JY127839;  JY127840;  JY127841;  JY127842;  JY127843;  JY127844;  JY127845;  JY127846;  JY127847;  JY127848;  JY127849;  JY127850;  JY127851;  JY127852;  JY127853;  JY127854;  JY127855;  JY127856;  JY127857;  JY127858;  JY127859;  JY127860;  JY127861;  JY127862;  JY127863;  JY127864;  JY127865;  JY127866;  JY127867;  JY127868;  JY127869;  JY127870;  JY127871;  JY127872;  JY127873;  JY127874;  JY127875;  JY127876;  JY127877;  JY127878;  JY127879;  JY127880;  JY127881;  JY127882;  JY127883;  JY127884;  JY127885;  JY127886;  JY127887;  JY127888;  JY127889;  JY127890;  JY127891;  JY127892;  JY127893;  JY127894;  JY127895;  JY127896;  JY127897;  JY127898;  JY127899;  JY127900;  JY127901;  JY127902;  JY127903;  JY127904;  JY127905;  JY127906;  JY127907;  JY127908;  JY127909;  JY127910;  JY127911;  JY127912;  JY127913;  JY127914;  JY127915;  JY127916;  JY127917;  JY127918;  JY127919;  JY127920;  JY127921;  JY127922;  JY127923;  JY127924;  JY127925;  JY127926;  JY127927;  JY127928;  JY127929;  JY127930;  JY127931;  JY127932;  JY127933;  JY127934;  JY127935;  JY127936;  JY127937;  JY127938;  JY127939;  JY127940;  JY127941;  JY127942;  JY127943;  JY127944;  JY127945;  JY127946;  JY127947;  JY127948;  JY127949;  JY127950;  JY127951;  JY127952;  JY127953;  JY127954;  JY127955;  JY127956;  JY127957;  JY127958;  JY127959;  JY127960;  JY127961;  JY127962;  JY127963;  JY127964;  JY127965;  JY127966;  JY127967;  JY127968;  JY127969;  JY127970;  JY127971;  JY127972;  JY127973;  JY127974;  JY127975;  JY127976;  JY127977;  JY127978;  JY127979;  JY127980;  JY127981;  JY127982;  JY127983;  JY127984;  JY127985;  JY127986;  JY127987;  JY127988;  JY127989;  JY127990;  JY127991;  JY127992;  JY127993;  JY127994;  JY127995;  JY127996;  JY127997;  JY127998;  JY127999;  JY128000;  JY128001;  JY128002;  JY128003;  JY128004;  JY128005;  JY128006;  JY128007;  JY128008;  JY128009;  JY128010;  JY128011;  JY128012;  JY128013;  JY128014;  JY128015;  JY128016;  JY128017;  JY128018;  JY128019;  JY128020;  JY128021;  JY128022;  JY128023;  JY128024;  JY128025;  JY128026;  JY128027;  JY128028;  JY128029;  JY128030;  JY128031;  JY128032;  JY128033;  JY128034;  JY128035;  JY128036;  JY128037;  JY128038;  JY128039;  JY128040;  JY128041;  JY128042;  JY128043;  JY128044;  JY128045;  JY128046;  JY128047;  JY128048;  JY128049;  JY128050;  JY128051;  JY128052;  JY128053;  JY128054;  JY128055;  JY128056;  JY128057;  JY128058;  JY128059;  JY128060;  JY128061;  JY128062;  JY128063;  JY128064;  JY128065;  JY128066;  JY128067;  JY128068;  JY128069;  JY128070;  JY128071;  JY128072;  JY128073;  JY128074;  JY128075;  JY128076;  JY128077;  JY128078;  JY128079;  JY128080;  JY128081;  JY128082;  JY128083;  JY128084;  JY128085;  JY128086;  JY128087;  JY128088;  JY128089;  JY128090;  JY128091;  JY128092;  JY128093;  JY128094;  JY128095;  JY128096;  JY128097;  JY128098;  JY128099;  JY128100;  JY128101;  JY128102;  JY128103;  JY128104;  JY128105;  JY128106;  JY128107;  JY128108;  JY128109;  JY128110;  JY128111;  JY128112;  JY128113;  JY128114;  JY128115;  JY128116;  JY128117;  JY128118;  JY128119;  JY128120;  JY128121;  JY128122;  JY128123;  JY128124;  JY128125;  JY128126;  JY128127;  JY128128;  JY128129;  JY128130;  JY128131;  JY128132;  JY128133;  JY128134;  JY128135;  JY128136;  JY128137;  JY128138;  JY128139;  JY128140;  JY128141;  JY128142;  JY128143;  JY128144;  JY128145;  JY128146;  JY128147;  JY128148;  JY128149;  JY128150;  JY128151;  JY128152;  JY128153;  JY128154;  JY128155;  JY128156;  JY128157;  JY128158;  JY128159;  JY128160;  JY128161;  JY128162;  JY128163;  JY128164;  JY128165;  JY128166;  JY128167;  JY128168;  JY128169;  JY128170;  JY128171;  JY128172;  JY128173;  JY128174;  JY128175;  JY128176;  JY128177;  JY128178;  JY128179;  JY128180;  JY128181;  JY128182;  JY128183;  JY128184;  JY128185;  JY128186;  JY128187;  JY128188;  JY128189;  JY128190;  JY128191;  JY128192;  JY128193;  JY128194;  JY128195;  JY128196;  JY128197;  JY128198;  JY128199;  JY128200;  JY128201;  JY128202;  JY128203;  JY128204;  JY128205;  JY128206;  JY128207;  JY128208;  JY128209;  JY128210;  JY128211;  JY128212;  JY128213;  JY128214;  JY128215;  JY128216;  JY128217;  JY128218;  JY128219;  JY128220;  JY128221;  JY128222;  JY128223;  JY128224;  JY128225;  JY128226;  JY128227;  JY128228;  JY128229;  JY128230;  JY128231;  JY128232;  JY128233;  JY128234;  JY128235;  JY128236;  JY128237;  JY128238;  JY128239;  JY128240;  JY128241;  JY128242;  JY128243;  JY128244;  JY128245;  JY128246;  JY128247;  JY128248;  JY128249;  JY128250;  JY128251;  JY128252;  JY128253;  JY128254;  JY128255;  JY128256;  JY128257;  JY128258;  JY128259;  JY128260;  JY128261;  JY128262;  JY128263;  JY128264;  JY128265;  JY128266;  JY128267;  JY128268;  JY128269;  JY128270;  JY128271;  JY128272;  JY128273;  JY128274;  JY128275;  JY128276;  JY128277;  JY128278;  JY128279;  JY128280;  JY128281;  JY128282;  JY128283;  JY128284;  JY128285;  JY128286;  JY128287;  JY128288;  JY128289;  JY128290;  JY128291;  JY128292;  JY128293;  JY128294;  JY128295;  JY128296;  JY128297;  JY128298;  JY128299;  JY128300;  JY128301;  JY128302;  JY128303;  JY128304;  JY128305;  JY128306;  JY128307;  JY128308;  JY128309;  JY128310;  JY128311;  JY128312;  JY128313;  JY128314;  JY128315;  JY128316;  JY128317;  JY128318;  JY128319;  JY128320;  JY128321;  JY128322;  JY128323;  JY128324;  JY128325;  JY128326;  JY128327;  JY128328;  JY128329;  JY128330;  JY128331;  JY128332;  JY128333;  JY128334;  JY128335;  JY128336;  JY128337;  JY128338;  JY128339;  JY128340;  JY128341;  JY128342;  JY128343;  JY128344;  JY128345;  JY128346;  JY128347;  JY128348;  JY128349;  JY128350;  JY128351;  JY128352;  JY128353;  JY128354;  JY128355;  JY128356;  JY128357;  JY128358;  JY128359;  JY128360;  JY128361;  JY128362;  JY128363;  JY128364;  JY128365;  JY128366;  JY128367;  JY128368;  JY128369;  JY128370;  JY128371;  JY128372;  JY128373;  JY128374;  JY128375;  JY128376;  JY128377;  JY128378;  JY128379;  JY128380;  JY128381;  JY128382;  JY128383;  JY128384;  JY128385;  JY128386;  JY128387;  JY128388;  JY128389;  JY128390;  JY128391;  JY128392;  JY128393;  JY128394;  JY128395;  JY128396;  JY128397;  JY128398;  JY128399;  JY128400;  JY128401;  JY128402;  JY128403;  JY128404;  JY128405;  JY128406;  JY128407;  JY128408;  JY128409;  JY128410;  JY128411;  JY128412;  JY128413;  JY128414;  JY128415;  JY128416;  JY128417;  JY128418;  JY128419;  JY128420;  JY128421;  JY128422;  JY128423;  JY128424;  JY128425;  JY128426;  JY128427;  JY128428;  JY128429;  JY128430;  JY128431;  JY128432;  JY128433;  JY128434;  JY128435;  JY128436;  JY128437;  JY128438;  JY128439;  JY128440;  JY128441;  JY128442;  JY128443;  JY128444;  JY128445;  JY128446;  JY128447;  JY128448;  JY128449;  JY128450;  JY128451;  JY128452;  JY128453;  JY128454;  JY128455;  JY128456;  JY128457;  JY128458;  JY128459;  JY128460;  JY128461;  JY128462;  JY128463;  JY128464;  JY128465;  JY128466;  JY128467;  JY128468;  JY128469;  JY128470;  JY128471;  JY128472;  JY128473;  JY128474;  JY128475;  JY128476;  JY128477;  JY128478;  JY128479;  JY128480;  JY128481;  JY128482;  JY128483;  JY128484;  JY128485;  JY128486;  JY128487;  JY128488;  JY128489;  JY128490;  JY128491;  JY128492;  JY128493;  JY128494;  JY128495;  JY128496;  JY128497;  JY128498;  JY128499;  JY128500;  JY128501;  JY128502;  JY128503;  JY128504;  JY128505;  JY128506;  JY128507;  JY128508;  JY128509;  JY128510;  JY128511;  JY128512;  JY128513;  JY128514;  JY128515;  JY128516;  JY128517;  JY128518;  JY128519;  JY128520;  JY128521;  JY128522;  JY128523;  JY128524;  JY128525;  JY128526;  JY128527;  JY128528;  JY128529;  JY128530;  JY128531;  JY128532;  JY128533;  JY128534;  JY128535;  JY128536;  JY128537;  JY128538;  JY128539;  JY128540;  JY128541;  JY128542;  JY128543;  JY128544;  JY128545;  JY128546;  JY128547;  JY128548;  JY128549;  JY128550;  JY128551;  JY128552;  JY128553;  JY128554;  JY128555;  JY128556;  JY128557;  JY128558;  JY128559;  JY128560;  JY128561;  JY128562;  JY128563;  JY128564;  JY128565;  JY128566;  JY128567;  JY128568;  JY128569;  JY128570;  JY128571;  JY128572;  JY128573;  JY128574;  JY128575;  JY128576;  JY128577;  JY128578;  JY128579;  JY128580;  JY128581;  JY128582;  JY128583;  JY128584;  JY128585;  JY128586;  JY128587;  JY128588;  JY128589;  JY128590;  JY128591;  JY128592;  JY128593;  JY128594;  JY128595;  JY128596;  JY128597;  JY128598;  JY128599;  JY128600;  JY128601;  JY128602;  JY128603;  JY128604;  JY128605;  JY128606;  JY128607;  JY128608;  JY128609;  JY128610;  JY128611;  JY128612;  JY128613;  JY128614;  JY128615;  JY128616;  JY128617;  JY128618;  JY128619;  JY128620;  JY128621;  JY128622;  JY128623;  JY128624;  JY128625;  JY128626;  JY128627;  JY128628;  JY128629;  JY128630;  JY128631;  JY128632;  JY128633;  JY128634;  JY128635;  JY128636;  JY128637;  JY128638;  JY128639;  JY128640;  JY128641;  JY128642;  JY128643;  JY128644;  JY128645;  JY128646;  JY128647;  JY128648;  JY128649;  JY128650;  JY128651;  JY128652;  JY128653;  JY128654;  JY128655;  JY128656;  JY128657;  JY128658;  JY128659;  JY128660;  JY128661;  JY128662;  JY128663;  JY128664;  JY128665;  JY128666;  JY128667;  JY128668;  JY128669;  JY128670;  JY128671;  JY128672;  JY128673;  JY128674;  JY128675;  JY128676;  JY128677;  JY128678;  JY128679;  JY128680;  JY128681;  JY128682;  JY128683;  JY128684;  JY128685;  JY128686;  JY128687;  JY128688;  JY128689;  JY128690;  JY128691;  JY128692;  JY128693;  JY128694;  JY128695;  JY128696;  JY128697;  JY128698;  JY128699;  JY128700;  JY128701;  JY128702;  JY128703;  JY128704;  JY128705;  JY128706;  JY128707;  JY128708;  JY128709;  JY128710;  JY128711;  JY128712;  JY128713;  JY128714;  JY128715;  JY128716;  JY128717;  JY128718;  JY128719;  JY128720;  JY128721;  JY128722;  JY128723;  JY128724;  JY128725;  JY128726;  JY128727;  JY128728;  JY128729;  JY128730;  JY128731;  JY128732;  JY128733;  JY128734;  JY128735;  JY128736;  JY128737;  JY128738;  JY128739;  JY128740
Export Citation:
APA/MLA Format     Download EndNote     Download BibTex
MeSH Terms
Evolution, Molecular*
Gene Amplification
Genome, Plant
Models, Genetic
Molecular Sequence Annotation
Molecular Sequence Data
Poaceae / genetics*
Retroelements / genetics*
Sequence Analysis, DNA
Terminal Repeat Sequences / genetics*
Grant Support
Reg. No./Substance:

From MEDLINE®/PubMed®, a database of the U.S. National Library of Medicine

Previous Document:  Acute respiratory distress syndrome in patients with hematological malignancies.
Next Document:  Synthesis, characterization and biodistribution of new fatty acids conjugates bearing N,N,N-donors i...