Document Detail

High concordance between the position-specific scoring matrix and geno2pheno algorithms for genotypic interpretation of HIV-1 tropism: V3 length as the major cause of disagreement.
MedLine Citation:
PMID:  21734029     Owner:  NLM     Status:  MEDLINE    
The agreement between the position-specific scoring matrix (PSSM) and geno2pheno as tools for genotypic interpretation of HIV-1 tropism using 800 clinical specimens was assessed. There was an overall concordance of 88%. Disagreement was found mostly in specimens with short V3 lengths (<35 amino acids). Thus, consideration of V3 lengths should improve the predictability of HIV-1 tropism using genotypic algorithms.
Eduardo Seclén; Vicente Soriano; María M González; Sagrario Gómez; Alexander Thielen; Eva Poveda
Related Documents :
10448049 - Proteins can adopt totally different folded conformations.
16414769 - Short communication: studies on punica granatum-i isolation and identification of some ...
12791279 - Chemoenzymatic synthesis of the sialyl-alpha-(2-->3')-lactosamine trisaccharide with a ...
6470009 - Quantitative evaluation for the role of beta 146 his and beta 143 his residues in the b...
10399019 - From beta-lactams to alpha- and beta-amino acid derived peptides.
8221969 - Studies on the constituents of aster scaber thunb. v. structures of six new echinocysti...
9611139 - Selective hydrolysis of plasmalogen phospholipids by ca2+-independent pla2 in hypoxic v...
18314969 - A kinetic and mechanistic study of the amino acid catalyzed aldol condensation of aceta...
9278559 - Lipoic acid reduces the activities of biotin-dependent carboxylases in rat liver.
Publication Detail:
Type:  Evaluation Studies; Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't     Date:  2011-07-06
Journal Detail:
Title:  Journal of clinical microbiology     Volume:  49     ISSN:  1098-660X     ISO Abbreviation:  J. Clin. Microbiol.     Publication Date:  2011 Sep 
Date Detail:
Created Date:  2011-08-31     Completed Date:  2011-12-16     Revised Date:  2013-06-28    
Medline Journal Info:
Nlm Unique ID:  7505564     Medline TA:  J Clin Microbiol     Country:  United States    
Other Details:
Languages:  eng     Pagination:  3380-2     Citation Subset:  IM    
Department of Infectious Diseases, Hospital Carlos III, Madrid, Spain.
Data Bank Information
Bank Name/Acc. No.:
GENBANK/JF511660;  JF511661;  JF511662;  JF511663;  JF511664;  JF511665;  JF511666;  JF511667;  JF511668;  JF511669;  JF511670;  JF511671;  JF511672;  JF511673;  JF511674;  JF511675;  JF511676;  JF511677;  JF511678;  JF511679;  JF511680;  JF511681;  JF511682;  JF511683;  JF511684;  JF511685;  JF511686;  JF511687;  JF511688;  JF511689;  JF511690;  JF511691;  JF511692;  JF511693;  JF511694;  JF511695;  JF511696;  JF511697;  JF511698;  JF511699;  JF511700;  JF511701;  JF511702;  JF511703;  JF511704;  JF511705;  JF511706;  JF511707;  JF511708;  JF511709;  JF511710;  JF511711;  JF511712;  JF511713;  JF511714;  JF511715;  JF511716;  JF511717;  JF511718;  JF511719;  JF511720;  JF511721;  JF511722;  JF511723;  JF511724;  JF511725;  JF511726;  JF511727;  JF511728;  JF511729;  JF511730;  JF511731;  JF511732;  JF511733;  JF511734;  JF511735;  JF511736;  JF511737;  JF511738;  JF511739;  JF511740;  JF511741;  JF511742;  JF511743;  JF511744;  JF511745;  JF511746;  JF511747;  JF511748;  JF511749;  JF511750;  JF511751;  JF511752;  JF511753;  JF511754;  JF511755;  JF511756;  JF511757;  JF511758;  JF511759;  JF511760;  JF511761;  JF511762;  JF511763;  JF511764;  JF511765;  JF511766;  JF511767;  JF511768;  JF511769;  JF511770;  JF511771;  JF511772;  JF511773;  JF511774;  JF511775;  JF511776;  JF511777;  JF511778;  JF511779;  JF511780;  JF511781;  JF511782;  JF511783;  JF511784;  JF511785;  JF511786;  JF511787;  JF511788;  JF511789;  JF511790;  JF511791;  JF511792;  JF511793;  JF511794;  JF511795;  JF511796;  JF511797;  JF511798;  JF511799;  JF511800;  JF511801;  JF511802;  JF511803;  JF511804;  JF511805;  JF511806;  JF511807;  JF511808;  JF511809;  JF511810;  JF511811;  JF511812;  JF511813;  JF511814;  JF511815;  JF511816;  JF511817;  JF511818;  JF511819;  JF511820;  JF511821;  JF511822;  JF511823;  JF511824;  JF511825;  JF511826;  JF511827;  JF511828;  JF511829;  JF511830;  JF511831;  JF511832;  JF511833;  JF511834;  JF511835;  JF511836;  JF511837;  JF511838;  JF511839;  JF511840;  JF511841;  JF511842;  JF511843;  JF511844;  JF511845;  JF511846;  JF511847;  JF511848;  JF511849;  JF511850;  JF511851;  JF511852;  JF511853;  JF511854;  JF511855;  JF511856;  JF511857;  JF511858;  JF511859;  JF511860;  JF511861;  JF511862;  JF511863;  JF511864;  JF511865;  JF511866;  JF511867;  JF511868;  JF511869;  JF511870;  JF511871;  JF511872;  JF511873;  JF511874;  JF511875;  JF511876;  JF511877;  JF511878;  JF511879;  JF511880;  JF511881;  JF511882;  JF511883;  JF511884;  JF511885;  JF511886;  JF511887;  JF511888;  JF511889;  JF511890;  JF511891;  JF511892;  JF511893;  JF511894;  JF511895;  JF511896;  JF511897;  JF511898;  JF511899;  JF511900;  JF511901;  JF511902;  JF511903;  JF511904;  JF511905;  JF511906;  JF511907;  JF511908;  JF511909;  JF511910;  JF511911;  JF511912;  JF511913;  JF511914;  JF511915;  JF511916;  JF511917;  JF511918;  JF511919;  JF511920;  JF511921;  JF511922;  JF511923;  JF511924;  JF511925;  JF511926;  JF511927;  JF511928;  JF511929;  JF511930;  JF511931;  JF511932;  JF511933;  JF511934;  JF511935;  JF511936;  JF511937;  JF511938;  JF511939;  JF511940;  JF511941;  JF511942;  JF511943;  JF511944;  JF511945;  JF511946;  JF511947;  JF511948;  JF511949;  JF511950;  JF511951;  JF511952;  JF511953;  JF511954;  JF511955;  JF511956;  JF511957;  JF511958;  JF511959;  JF511960;  JF511961;  JF511962;  JF511963;  JF511964;  JF511965;  JF511966;  JF511967;  JF511968;  JF511969;  JF511970;  JF511971;  JF511972;  JF511973;  JF511974;  JF511975;  JF511976;  JF511977;  JF511978;  JF511979;  JF511980;  JF511981;  JF511982;  JF511983;  JF511984;  JF511985;  JF511986;  JF511987;  JF511988;  JF511989;  JF511990;  JF511991;  JF511992;  JF511993;  JF511994;  JF511995;  JF511996;  JF511997;  JF511998;  JF511999;  JF512000;  JF512001;  JF512002;  JF512003;  JF512004;  JF512005;  JF512006;  JF512007;  JF512008;  JF512009;  JF512010;  JF512011;  JF512012;  JF512013;  JF512014;  JF512015;  JF512016;  JF512017;  JF512018;  JF512019;  JF512020;  JF512021;  JF512022;  JF512023;  JF512024;  JF512025;  JF512026;  JF512027;  JF512028;  JF512029;  JF512030;  JF512031;  JF512032;  JF512033;  JF512034;  JF512035;  JF512036;  JF512037;  JF512038;  JF512039;  JF512040;  JF512041;  JF512042;  JF512043;  JF512044;  JF512045;  JF512046;  JF512047;  JF512048;  JF512049;  JF512050;  JF512051;  JF512052;  JF512053;  JF512054;  JF512055;  JF512056;  JF512057;  JF512058;  JF512059;  JF512060;  JF512061;  JF512062;  JF512063;  JF512064;  JF512065;  JF512066;  JF512067;  JF512068;  JF512069;  JF512070;  JF512071;  JF512072;  JF512073;  JF512074;  JF512075;  JF512076;  JF512077;  JF512078;  JF512079;  JF512080;  JF512081;  JF512082;  JF512083;  JF512084;  JF512085;  JF512086;  JF512087;  JF512088;  JF512089;  JF512090;  JF512091;  JF512092;  JF512093;  JF512094;  JF512095;  JF512096;  JF512097;  JF512098;  JF512099;  JF512100;  JF512101;  JF512102;  JF512103;  JF512104;  JF512105;  JF512106;  JF512107;  JF512108;  JF512109;  JF512110;  JF512111;  JF512112;  JF512113;  JF512114;  JF512115;  JF512116;  JF512117;  JF512118;  JF512119;  JF512120;  JF512121;  JF512122;  JF512123;  JF512124;  JF512125;  JF512126;  JF512127;  JF512128;  JF512129;  JF512130;  JF512131;  JF512132;  JF512133;  JF512134;  JF512135;  JF512136;  JF512137;  JF512138;  JF512139;  JF512140;  JF512141;  JF512142;  JF512143;  JF512144;  JF512145;  JF512146;  JF512147;  JF512148;  JF512149;  JF512150;  JF512151;  JF512152;  JF512153;  JF512154;  JF512155;  JF512156;  JF512157;  JF512158;  JF512159;  JF512160;  JF512161;  JF512162;  JF512163;  JF512164;  JF512165;  JF512166;  JF512167;  JF512168;  JF512169;  JF512170;  JF512171;  JF512172;  JF512173;  JF512174;  JF512175;  JF512176;  JF512177;  JF512178;  JF512179;  JF512180;  JF512181;  JF512182;  JF512183;  JF512184;  JF512185;  JF512186;  JF512187;  JF512188;  JF512189;  JF512190;  JF512191;  JF512192;  JF512193;  JF512194;  JF512195;  JF512196;  JF512197;  JF512198;  JF512199;  JF512200;  JF512201;  JF512202;  JF512203;  JF512204;  JF512205;  JF512206;  JF512207;  JF512208;  JF512209;  JF512210;  JF512211;  JF512212;  JF512213;  JF512214;  JF512215;  JF512216;  JF512217;  JF512218;  JF512219;  JF512220;  JF512221;  JF512222;  JF512223;  JF512224;  JF512225;  JF512226;  JF512227;  JF512228;  JF512229;  JF512230;  JF512231;  JF512232;  JF512233;  JF512234;  JF512235;  JF512236;  JF512237;  JF512238;  JF512239;  JF512240;  JF512241;  JF512242;  JF512243;  JF512244;  JF512245;  JF512246;  JF512247;  JF512248;  JF512249;  JF512250;  JF512251;  JF512252;  JF512253;  JF512254;  JF512255;  JF512256;  JF512257;  JF512258;  JF512259;  JF512260;  JF512261;  JF512262;  JF512263;  JF512264;  JF512265;  JF512266;  JF512267;  JF512268;  JF512269;  JF512270;  JF512271;  JF512272;  JF512273;  JF512274;  JF512275;  JF512276;  JF512277;  JF512278;  JF512279;  JF512280;  JF512281;  JF512282;  JF512283;  JF512284;  JF512285;  JF512286;  JF512287;  JF512288;  JF512289;  JF512290;  JF512291;  JF512292;  JF512293;  JF512294;  JF512295;  JF512296;  JF512297;  JF512298;  JF512299;  JF512300;  JF512301;  JF512302;  JF512303;  JF512304;  JF512305;  JF512306;  JF512307;  JF512308;  JF512309;  JF512310;  JF512311;  JF512312;  JF512313;  JF512314;  JF512315;  JF512316;  JF512317;  JF512318;  JF512319;  JF512320;  JF512321;  JF512322;  JF512323;  JF512324;  JF512325;  JF512326;  JF512327;  JF512328;  JF512329;  JF512330;  JF512331;  JF512332;  JF512333;  JF512334;  JF512335;  JF512336;  JF512337;  JF512338;  JF512339;  JF512340;  JF512341;  JF512342;  JF512343;  JF512344;  JF512345;  JF512346;  JF512347;  JF512348;  JF512349;  JF512350;  JF512351;  JF512352;  JF512353;  JF512354;  JF512355;  JF512356;  JF512357;  JF512358;  JF512359;  JF512360;  JF512361;  JF512362;  JF512363;  JF512364;  JF512365;  JF512366;  JF512367;  JF512368;  JF512369;  JF512370;  JF512371;  JF512372;  JF512373;  JF512374;  JF512375;  JF512376;  JF512377;  JF512378;  JF512379;  JF512380;  JF512381;  JF512382;  JF512383;  JF512384;  JF512385;  JF512386;  JF512387;  JF512388;  JF512389;  JF512390;  JF512391;  JF512392;  JF512393;  JF512394;  JF512395;  JF512396;  JF512397;  JF512398;  JF512399;  JF512400;  JF512401;  JF512402;  JF512403;  JF512404;  JF512405;  JF512406;  JF512407;  JF512408;  JF512409;  JF512410;  JF512411;  JF512412;  JF512413;  JF512414;  JF512415;  JF512416;  JF512417;  JF512418;  JF512419;  JF512420;  JF512421;  JF512422;  JF512423;  JF512424;  JF512425;  JF512426;  JF512427;  JF512428;  JF512429;  JF512430;  JF512431;  JF512432;  JF512433;  JF512434;  JF512435;  JF512436;  JF512437;  JF512438;  JF512439;  JF512440;  JF512441;  JF512442;  JF512443;  JF512444;  JF512445;  JF512446;  JF512447;  JF512448;  JF512449;  JF512450;  JF512451;  JF512452;  JF512453;  JF512454;  JF512455;  JF512456;  JF512457;  JF512458;  JF512459
Export Citation:
APA/MLA Format     Download EndNote     Download BibTex
MeSH Terms
HIV Infections / virology
HIV-1 / genetics*,  pathogenicity*
Molecular Sequence Data
Position-Specific Scoring Matrices
Sequence Analysis, DNA
Viral Tropism*
Virology / methods*
env Gene Products, Human Immunodeficiency Virus / classification*,  genetics*
Reg. No./Substance:
0/env Gene Products, Human Immunodeficiency Virus

From MEDLINE®/PubMed®, a database of the U.S. National Library of Medicine

Previous Document:  Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry-based single nucleotide...
Next Document:  Real-time detection of blaKPC in clinical samples and surveillance specimens.