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High concordance between the position-specific scoring matrix and geno2pheno algorithms for genotypic interpretation of HIV-1 tropism: V3 length as the major cause of disagreement.
MedLine Citation:
PMID:  21734029     Owner:  NLM     Status:  MEDLINE    
Abstract/OtherAbstract:
The agreement between the position-specific scoring matrix (PSSM) and geno2pheno as tools for genotypic interpretation of HIV-1 tropism using 800 clinical specimens was assessed. There was an overall concordance of 88%. Disagreement was found mostly in specimens with short V3 lengths (<35 amino acids). Thus, consideration of V3 lengths should improve the predictability of HIV-1 tropism using genotypic algorithms.
Authors:
Eduardo Seclén; Vicente Soriano; María M González; Sagrario Gómez; Alexander Thielen; Eva Poveda
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Publication Detail:
Type:  Evaluation Studies; Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't     Date:  2011-07-06
Journal Detail:
Title:  Journal of clinical microbiology     Volume:  49     ISSN:  1098-660X     ISO Abbreviation:  J. Clin. Microbiol.     Publication Date:  2011 Sep 
Date Detail:
Created Date:  2011-08-31     Completed Date:  2011-12-16     Revised Date:  2013-06-28    
Medline Journal Info:
Nlm Unique ID:  7505564     Medline TA:  J Clin Microbiol     Country:  United States    
Other Details:
Languages:  eng     Pagination:  3380-2     Citation Subset:  IM    
Affiliation:
Department of Infectious Diseases, Hospital Carlos III, Madrid, Spain.
Data Bank Information
Bank Name/Acc. No.:
GENBANK/JF511660;  JF511661;  JF511662;  JF511663;  JF511664;  JF511665;  JF511666;  JF511667;  JF511668;  JF511669;  JF511670;  JF511671;  JF511672;  JF511673;  JF511674;  JF511675;  JF511676;  JF511677;  JF511678;  JF511679;  JF511680;  JF511681;  JF511682;  JF511683;  JF511684;  JF511685;  JF511686;  JF511687;  JF511688;  JF511689;  JF511690;  JF511691;  JF511692;  JF511693;  JF511694;  JF511695;  JF511696;  JF511697;  JF511698;  JF511699;  JF511700;  JF511701;  JF511702;  JF511703;  JF511704;  JF511705;  JF511706;  JF511707;  JF511708;  JF511709;  JF511710;  JF511711;  JF511712;  JF511713;  JF511714;  JF511715;  JF511716;  JF511717;  JF511718;  JF511719;  JF511720;  JF511721;  JF511722;  JF511723;  JF511724;  JF511725;  JF511726;  JF511727;  JF511728;  JF511729;  JF511730;  JF511731;  JF511732;  JF511733;  JF511734;  JF511735;  JF511736;  JF511737;  JF511738;  JF511739;  JF511740;  JF511741;  JF511742;  JF511743;  JF511744;  JF511745;  JF511746;  JF511747;  JF511748;  JF511749;  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Algorithms
Genotype
HIV Infections / virology
HIV-1 / genetics*,  pathogenicity*
Humans
Molecular Sequence Data
Position-Specific Scoring Matrices
Sequence Analysis, DNA
Viral Tropism*
Virology / methods*
env Gene Products, Human Immunodeficiency Virus / classification*,  genetics*
Chemical
Reg. No./Substance:
0/env Gene Products, Human Immunodeficiency Virus
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