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Analyses of pig genomes provide insight into porcine demography and evolution.
MedLine Citation:
PMID:  23151582     Owner:  NLM     Status:  MEDLINE    
Abstract/OtherAbstract:
For 10,000 years pigs and humans have shared a close and complex relationship. From domestication to modern breeding practices, humans have shaped the genomes of domestic pigs. Here we present the assembly and analysis of the genome sequence of a female domestic Duroc pig (Sus scrofa) and a comparison with the genomes of wild and domestic pigs from Europe and Asia. Wild pigs emerged in South East Asia and subsequently spread across Eurasia. Our results reveal a deep phylogenetic split between European and Asian wild boars ∼1 million years ago, and a selective sweep analysis indicates selection on genes involved in RNA processing and regulation. Genes associated with immune response and olfaction exhibit fast evolution. Pigs have the largest repertoire of functional olfactory receptor genes, reflecting the importance of smell in this scavenging animal. The pig genome sequence provides an important resource for further improvements of this important livestock species, and our identification of many putative disease-causing variants extends the potential of the pig as a biomedical model.
Authors:
Martien A M Groenen; Alan L Archibald; Hirohide Uenishi; Christopher K Tuggle; Yasuhiro Takeuchi; Max F Rothschild; Claire Rogel-Gaillard; Chankyu Park; Denis Milan; Hendrik-Jan Megens; Shengting Li; Denis M Larkin; Heebal Kim; Laurent A F Frantz; Mario Caccamo; Hyeonju Ahn; Bronwen L Aken; Anna Anselmo; Christian Anthon; Loretta Auvil; Bouabid Badaoui; Craig W Beattie; Christian Bendixen; Daniel Berman; Frank Blecha; Jonas Blomberg; Lars Bolund; Mirte Bosse; Sara Botti; Zhan Bujie; Megan Bystrom; Boris Capitanu; Denise Carvalho-Silva; Patrick Chardon; Celine Chen; Ryan Cheng; Sang-Haeng Choi; William Chow; Richard C Clark; Christopher Clee; Richard P M A Crooijmans; Harry D Dawson; Patrice Dehais; Fioravante De Sapio; Bert Dibbits; Nizar Drou; Zhi-Qiang Du; Kellye Eversole; João Fadista; Susan Fairley; Thomas Faraut; Geoffrey J Faulkner; Katie E Fowler; Merete Fredholm; Eric Fritz; James G R Gilbert; Elisabetta Giuffra; Jan Gorodkin; Darren K Griffin; Jennifer L Harrow; Alexander Hayward; Kerstin Howe; Zhi-Liang Hu; Sean J Humphray; Toby Hunt; Henrik Hornshøj; Jin-Tae Jeon; Patric Jern; Matthew Jones; Jerzy Jurka; Hiroyuki Kanamori; Ronan Kapetanovic; Jaebum Kim; Jae-Hwan Kim; Kyu-Won Kim; Tae-Hun Kim; Greger Larson; Kyooyeol Lee; Kyung-Tai Lee; Richard Leggett; Harris A Lewin; Yingrui Li; Wansheng Liu; Jane E Loveland; Yao Lu; Joan K Lunney; Jian Ma; Ole Madsen; Katherine Mann; Lucy Matthews; Stuart McLaren; Takeya Morozumi; Michael P Murtaugh; Jitendra Narayan; Dinh Truong Nguyen; Peixiang Ni; Song-Jung Oh; Suneel Onteru; Frank Panitz; Eung-Woo Park; Hong-Seog Park; Geraldine Pascal; Yogesh Paudel; Miguel Perez-Enciso; Ricardo Ramirez-Gonzalez; James M Reecy; Sandra Rodriguez-Zas; Gary A Rohrer; Lauretta Rund; Yongming Sang; Kyle Schachtschneider; Joshua G Schraiber; John Schwartz; Linda Scobie; Carol Scott; Stephen Searle; Bertrand Servin; Bruce R Southey; Goran Sperber; Peter Stadler; Jonathan V Sweedler; Hakim Tafer; Bo Thomsen; Rashmi Wali; Jian Wang; Jun Wang; Simon White; Xun Xu; Martine Yerle; Guojie Zhang; Jianguo Zhang; Jie Zhang; Shuhong Zhao; Jane Rogers; Carol Churcher; Lawrence B Schook
Publication Detail:
Type:  Journal Article; Research Support, N.I.H., Extramural; Research Support, Non-U.S. Gov't; Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S.    
Journal Detail:
Title:  Nature     Volume:  491     ISSN:  1476-4687     ISO Abbreviation:  Nature     Publication Date:  2012 Nov 
Date Detail:
Created Date:  2012-11-15     Completed Date:  2012-11-30     Revised Date:  2014-03-19    
Medline Journal Info:
Nlm Unique ID:  0410462     Medline TA:  Nature     Country:  England    
Other Details:
Languages:  eng     Pagination:  393-8     Citation Subset:  IM    
Data Bank Information
Bank Name/Acc. No.:
GENBANK/AEMK01000000;  GL878569;  GL878570;  GL878571;  GL878572;  GL878573;  GL878574;  GL878575;  GL878576;  GL878577;  GL878578;  GL878579;  GL878580;  GL878581;  GL878582;  GL878583;  GL878584;  GL878585;  GL878586;  GL878587;  GL878588;  GL878589;  GL878590;  GL878591;  GL878592;  GL878593;  GL878594;  GL878595;  GL878596;  GL878597;  GL878598;  GL878599;  GL878600;  GL878601;  GL878602;  GL878603;  GL878604;  GL878605;  GL878606;  GL878607;  GL878608;  GL878609;  GL878610;  GL878611;  GL878612;  GL878613;  GL878614;  GL878615;  GL878616;  GL878617;  GL878618;  GL878619;  GL878620;  GL878621;  GL878622;  GL878623;  GL878624;  GL878625;  GL878626;  GL878627;  GL878628;  GL878629;  GL878630;  GL878631;  GL878632;  GL878633;  GL878634;  GL878635;  GL878636;  GL878637;  GL878638;  GL878639;  GL878640;  GL878641;  GL878642;  GL878643;  GL878644;  GL878645;  GL878646;  GL878647;  GL878648;  GL878649;  GL878650;  GL878651;  GL878652;  GL878653;  GL878654;  GL878655;  GL878656;  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GL879567
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MeSH Terms
Descriptor/Qualifier:
Animals
Demography
Genome / genetics*
Models, Animal
Molecular Sequence Data
Phylogeny*
Population Dynamics
Sus scrofa / classification*,  genetics*
Grant Support
ID/Acronym/Agency:
095908//Wellcome Trust; 249894//European Research Council; 5 P41 LM006252/LM/NLM NIH HHS; 5 P41LM006252/LM/NLM NIH HHS; BB/E010520/1//Biotechnology and Biological Sciences Research Council; BB/E010520/2//Biotechnology and Biological Sciences Research Council; BB/G004013/1//Biotechnology and Biological Sciences Research Council; BB/H005935/1//Biotechnology and Biological Sciences Research Council; BB/I025328/1//Biotechnology and Biological Sciences Research Council; G0900950//Medical Research Council; P20-RR017686/RR/NCRR NIH HHS; P30 DA018310/DA/NIDA NIH HHS; P30 DA018310/DA/NIDA NIH HHS; R13 RR020283A/RR/NCRR NIH HHS; R13 RR032267A/RR/NCRR NIH HHS; R21 DA027548/DA/NIDA NIH HHS; R21 DA027548/DA/NIDA NIH HHS; R21 HG006464/HG/NHGRI NIH HHS; T32 AI083196/AI/NIAID NIH HHS
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